Изменения звука под влиянием артикуляции соседних с ним звуков называется ассимиляцией. В японском языке встречаются три вида ассимиляции: прогрессивная (влияние предыдущего звука на последующий), регрессивная (влияние последующего звука на предыдущий) и взаимная.

1. Прогрессивная ассимиляция встречается в основном в основосложных словах японского происхождения (ваго): глухие согласные [к], [с], [т], [х], [ф] в начале второго компонента слова в положении между гласными изменяются следующим образом:
К-->Г, например: で+くち=でぐち;
С-->ДЗ, например: もの+すき=ものずき;
Т-->Д, например: ち+とも=ちどめ;
Х-->Б, например: げっきゅう+ひ=げっきゅうび;
Ф-->Б, например: け+ふかい=けぶかい.

2. Регрессивная ассимиляция
А) глухие согласные [к], [с], [т], [х], [ф] в позиции после つ в результате редукции [у] уподобляют себе звук [ц] следующим образом:
ЦУ+К-->КК, например: はつ+こう=はっこう;
ЦУ+С-->СС, например: こつ+し=こっし;
ЦУ+Т-->ТТ, например: けつ+てい=けってい;
ЦУ+Х-->ПП, например: じつ+ひ=じっぴ;
ЦУ+Ф-->ПП, например: かつ+ふく=かっぷく.

Б) глухая согласная [к] в позиции после ち в результате редукции [и] уподобляет себе звук [т] следующим образом:
ТИ+К-->КК, например: にち+か=にっか.

В) носовой согласный [ň] перед твёрдыми и мягкими согласными [х], [б], [м] превращается в [м], а именно:
Н+Х-->MП, например: ぶん+ほう=ぶんぽう;
Н+Б-->МБ, например: けん+ぼう=けんぼう;
Н+М-->ММ, например: ほん+みょう=ほんみょう.
Явление ассимиляции отражается в русской транскрипции, то есть звук [ň] в соответствующей позиции передаётся, как [м], в латинской транскрипции может писаться «n» и «m».

3. Взаимная ассимиляция
А) глухой согласный [с] после носового [ň] озвончается в [дз], а [ň] переходит в [н], то есть:
Н+С-->НДЗ, например: にん+すう=にんずう.

Б) носовой согласный [ň] перед [х] переходит в [м], а [х] озвончается в [б], то есть:
Н+Х-->МБ, например: はん+はり=はんばり.

В) согласные [х] и [ф], следующие за редуцированным слогом ち, вместе с ним превращаются в ПП, то есть:
ТИ+Х-->ПП, например: いち+ほ=いっぽ;
ТИ+Ф-->ПП, например: はち+ふん=はっぷん.